Al lado sur del claustro del naranjo se encuentra la Sala Capitular que, a pesar de estar muy transformada, es de enorme interés por ser la parte más antigua del convento y por corresponder con la antigua casa islámica del alfaquí (doctor en la ley musulmana) Hamete Xarrafi, adquirida por el monasterio en 1395, como recoge la documentación conventual.

Originalmente debió constar de una planta rectangular compuesta de un salón central flanqueado por dos pequeñas estancias contiguas separadas por una arquería, disposición palaciega característica de los palacios hispanomusulmanes y, copiando a estos, en los edificios mudéjares, como comprobamos en la Alhambra, los Reales Alcázares de Sevilla o en el Taller del Moro de Toledo. Estas dos pequeñas estancias fueron suprimidas con los nuevos usos conventuales para abrir un locutorio y una escalera. La estancia se encuentra cubierta con una techumbre de madera o alfarje de tradición almohade con decoración en color negro, rojo y blanco. Los lados mayores del rectángulo están recorridos por una inscripción gótica, en rojo y negro, hoy ilegible, la cual falta en los lados menores debido a la transformación indicada.

Un arco de herradura geminado, similar al que sirve de ingreso, da paso a una segunda sala dividida en dos espacios por un muro. Este arco tiene por parteluz una columna musulmana con un capitel de hoja de acanto muy clásico. Este capitel es similar a otro que se encuentra formando parte de las construcciones de los Reales Alcázares de Sevilla y que está fechado en época califal en el año 932. Esto hace pensar que la estructura más primitiva de esta Sala Capitular pudiera remontarse a época islámica califal (siglo X).

Junto a la Sala Capitular se encuentra una segunda estancia (donde se ha instalado una selección de la colección histórica de Niños Jesús propiedad del convento) muy interesante por conservar en su techo restos de una decoración pictórica mural de estilo gótico-mudéjar consistente en hojas de vid que parten de roleos y con unos frutos que parecen más bellotas o moras que racimos de uva. Sobre esta decoración vegetal se repite insistentemente, con el ritmos propio del arte islámico y mudéjar, escudos con castillos y leones. Este escudo es el de la abadesa doña Inés, una de las hijas naturales del rey Enrique II, que murió hacia 1443. Aparece también una inscripción en letra gótica negra. Este espacio debió ser profundamente transformado y decorado en tiempos de las infantas doña Inés y doña Isabel (finales del siglo XIV y principios del XV). Quizás aquí se ubicaron sus aposentos privados.